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碘化丙啶（Propidium Iodide，PI）是一種常用的細胞核熒光染料，作為一種溴化乙錠（EB）的類似物，能夠嵌入堿基之間實現與DNA結合。這種結合沒有或者幾乎無序列傾向性，大約每4-5個DNA堿基對結合一個染料。PI也能與RNA結合，需要用核酸酶處理來區分DNA和RNA染色。

羅丹明 123是一種常用的陽離子綠色熒光染料，可以透過細胞膜從而在活細胞線粒體內聚集，并發出黃綠色熒光，可廣泛用于檢測線粒體膜電位，并且對細胞沒有任何毒性，另外，Rh12與常規蛋白染料 PE-Cy5 和AMCA(7-amino-4-methyl coumarin-3-acetic acid)等沒有熒光干 擾，因此可用于多標實驗。

磺酰羅丹明B是一種高度水溶性，非固定的紅色熒光極性示蹤劑，用于細胞形態調查、熒光脂質體制備、細胞-細胞間通信研究和接下來的吞噬體-溶酶體攝取和融合。

臺盼藍 生物染色劑，如病毒檢驗，注入循環系統可使腎小管著色，哺乳動物、低等脊椎動物和昆蟲的各種組織活體染色。

線粒體膜電位檢測試劑盒(JC-1)是一種以 JC-1為熒光探針，快速靈敏地檢測細胞、組織或純化的線粒體膜電位變化的試劑盒，可以用于早期的細胞凋亡檢測，也是用來檢測細胞早期凋亡的常用方法。